Web Diary Professional(WDP)でPHPのソースコードなどがアップロード出来ないように制限を行います。
本当は更に実際にアップロードする時にチェックしたほうが良いのかもしれません。
拡張子でのみのチェックです。
詳細は次のURLをご覧下さい。
http://oi21.net/memo/2014/02/wdp-uploadfile/
あと、参考情報として以下のサイトも参照すると良いです。
大阪府警察 | 偽サイトへ誘導するページを蔵置するための不正アクセスの手口について
http://www.police.pref.osaka.jp/15topics/nisesite_teguchi_1.html